Nel 1960, con un canone di affitto simbolico, l’Università degli Studi di Padova acquisì 20 ettari di terreno agrario nel Comune di Legnaro da Veneto Agricoltura allora Ente Nazionale Tre Venezie (ENTV).

Fu quello il primo nucleo della nascente Azienda Sperimentale Agraria che aumentò ben presto la sua superficie con l'acquisto, dal medesimo Ente, di altri 42,22 ettari grazie ad un contributo erogato dal Ministero della Pubblica Istruzione. In seguito, ancora dall'ENTV, l'Università ha acquisito ulteriori 23,16 ettari nel 1963, altri 10 ettari nel 1970 e ancora 14,70 ettari nel 1975.

La superficie complessiva quindi, dopo un'alienazione di 0,77 ettari a favore di ex mezzadri, è arrivata a un corpo unico di 109,31 ettari.

Nel 2001 sono stati acquisiti ulteriori 15,13 ettari di terreno a seminativo con vigneto, in località Pozzoveggiani (Comune di Padova) coltivati con tecniche previste dall'agricoltura biologica dal 2002.

Nel corso degli anni, a seguito dell'espansione dell'Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN) - Laboratori di Legnaro, per la costruzione di impianti sportivi e l'ampliamento dell'area cimiteriale ad opera del Comune di Legnaro, la costruzione del complesso di Agripolis e dell' Istituto Zooprofilattico delle Venezie, la superficie aziendale si è ridotta agli attuali 79,64 ettari comprensivi di 3,4 ettari a Vigodarzere (PD).

Nel corso dei primi 27 anni la direzione dell'Azienda fu affidata (secondo quanto stabilito da apposito regolamento) al direttore dell'Istituto di Agronomia Generale e Coltivazioni erbacee, prima al Prof. Remigio Baldoni (1960-63) e poi al Prof. Lucio Toniolo (1964-1987).

In seguito la direzione è stata assunta dal Prof. Antonio Cantele (1988-1999) e dal Prof. Giuliano Mosca negli anni dal 2000 al 2008. Dal 2009 al 2010 l’Azienda è stata diretta dal Prof. Luigi Giardini.

Dopo un breve periodo durante il quale la direzione dell'Azienda è stata assunta dal Prof. Roberto Causin nella veste di Direttore pro tempore (dall'1/10/2010 al 15/11/2010), dal 15/11/2010 è stato eletto Direttore il Prof.Giuseppe Zanin, docente ordinario presso il DAFNAE (Department of Agronomy, Food, Nutrition Animal and Environment dell'Università di Padova) che l’ha diretta fino al 2016.

Il 16 novembre 2016 è stato nominato Direttore dell’Azienda agraria il Prof. Antonio Berti, docente di Agronomia presso il Dipartimento DAFNAE di Agripolis.

Il 6 dicembre 2022 è stato nominato nuovo Direttore dell’Azienda agraria il Prof. Francesco Morari, docente di Agronomia e coltivazioni erbacee presso il Dipartimento DAFNAE.

L'Azienda Agraria ha autonomia gestionale ed è dotata di un proprio statuto, emanato con Decreto del Rettore n. 1100 del 17/4/2013 e aggiornato con DR n.3559 del 16 ottobre 2017

Il Consiglio Direttivo dell'Azienda Agraria è così composto:

• Prof.ssa Barbara Baldan, Delegata della Rettrice
• Prof. Francesco Morari, Direttore Azienda Agraria
• Prof. Vincenzo D'Agostino, Direttore TESAF (Territorio e Sistemi Agroforestali)
• Prof. Alessandro Zotti, Direttore MAPS (Medicina animale, Produzione e Salute)
• Prof. Luca Bargelloni, Direttore BCA (Biomedicina comparate e Alimentazione)
• Prof. Gianni Barcaccia, Direttore DAFNAE (Agronomia, Animali, Alimenti, Risorse naturali e Ambiente)
• Prof. Luigi Gallo, rappresentante del Dipartimento DAFNAE per le attività zootecniche
• Dott. Alberto Scuttari, Direttore Generale
• Dott.ssa Caterina Sigolo, Responsabile Amministrativa Azienda Agraria Sperimentale